PENELITI Pusat Riset Biosistematik dan Evolusi Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Onny Nurrahman Marwayana, menggunakan metode dan teknik eDNA Metabarcoding dalam mendeteksi penemuan ikan purba coelacanth atau ikan raja laut.
Ia mengambil sampel air di beberapa titik sampling di mana coelacanth Indonesia telah terdeteksi sebelumnya. “Lokasi itu seperti di Bunakan, Siladen, Manado Tua, Kepulauan Gangga (Lingga, Gangga, Tindila, Talise) dan Waigeo, Raja Ampat,” kata Onny kepada Tempo, Selasa, 21 Juli 2026.
Scroll ke bawah untuk melanjutkan membaca
Sampel air tersebut kemudian difilter sehingga mendapatkan ekstrak eDNA dari filter tersebut. Langkah berikutnya, ekstrak eDNA tersebut diamplifikasi jumlahnya menggunakan primer DNA spesifik yang hanya akan mengamplifikasi fragmen DNA yang mengkode coelacanth Indonesia.
Selanjutnya hasil amplifikasi fragmen DNA tersebut masuk ke tahap sequencing di mana fragmen DNA tersebut diterjemahkan (transcription) dan disejajarkan (alignment) dengan data DNA Barcodes yang tersimpan di GenBank.
“Sehingga di akhir proses sequencing, kami mendapatkan informasi bahwa molekul eDNA yang kami koleksi dari sampel air laut di titik sampling tersebut identik dengan fragmen DNA yang dimiliki oleh coelacanth Indonesia,”” ujarnya. “Selanjutnya kami bisa menyimpulkan bahwa species coelacanth Indonesia dapat terdeteksi di perairan di mana kami melakukan sampling dengan metode eDNA Metabarcoding.”
Menurut Onny, coelacanth afrika adalah spesies ikan mesofotik yang sempat dianggap punah hingga ditemukannya kembali secara tidak sengaja di lepas pantai Afrika pada tahun 1939. Meskipun sebelumnya diduga hanya terbatas pada wilayah pantai timur Afrika, spesies coelacanth Indonesia ditemukan di pasar ikan di Manado pada tahun 1999.
“Selanjutnya, keberadaan coelacanth di Indonesia telah tercatat di Taman Nasional Laut Bunaken, Manado (Sulawesi Utara) serta beberapa wilayah di sekitar Bunaken (Talise, Amurang, Kepulauan Gangga), Waigeo (Raja Ampat, Papua Barat) pada tahun 2018, dan baru-baru ini terdokumentasikan kembali di perairan Pulau Siladen, Taman Nasional Laut Bunaken, Manado, Sulawesi Utara di akhir Juni 2026,” ujarnya.
Fenomena makin seringnya ditemui ikan purba coelacanth, kata Onny, menunjukkan bahwa kondisi habitat spesies tersebut masih bagus, sehingga mampu mempertahankan populasinya sebagai bagian dari ekosistem mesofotik. “Terkait ada tidaknya perbaikan ekosistem sebagai habitat coelacanth, hal ini perlu studi lebih lanjut mengenai kondisi hidrologi dan oseanografi di ekosistem mesofotik,” ujarnya.
Menurut Onny, kondisi lain yang memungkinkan satwa-satwa langka makin mudah terlihat oleh manusia adalah karena ulah tangan manusia. Sebagai contoh, pembabatan hutan secara ilegal dan penangkapan ikan yang berlebihan merupakan aktivitas manusia yang sampai hari ini masih terjadi.
“Hal ini mengakibatkan habitat asli satwa-satwa langka terganggu dan makin terusik sehingga tidak aneh jika kemudian satwa-satwa langka makin mudah terlihat atau terekspos manusia,” ujarnya.
Ia mengatakan langkah dan upaya yang dapat dilakukan untuk menghindari kepunahan satwa langka yang terlihat kembali adalah dengan menjaga keaslian dan kelestarian habitat alaminya di alam. Dengan demikian keberadaan satwa-satwa langka di alam diharapkan tetap lestari dan mereka dapat bereproduksi secara alami tanpa terganggu oleh ulah manusia.
"Upaya lain yang perlu dilakukan adalah dengan menjamin keberlanjutan studi dan bio monitoring populasi satwa-satwa langka serta pengembangan metode sampling yang tidak mengganggu keberadaan dan jumlah individu satwa-satwa langka di habitatnya (non-invasive sampling), seperti penggunaan metode Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding,” ujarnya.
Onny mengatakan eDNA Metabarcoding merupakan pendekatan revolusioner dalam studi keanekaragaman hayati yang bergantung pada pengumpulan, isolasi, serta amplifikasi PCR terhadap sel dan molekul DNA yang dilepaskan oleh organisme ke lingkungannya.
“Dengan melakukan sekuensing terhadap molekul eDNA dan membandingkan sekuens tersebut dengan basis data sekuens referensi melalui proses yang dikenal sebagai metabarcoding DNA, sekuens DNA yang belum diketahui dapat diidentifikasi spesies asalnya,” kata dia.
